たぶんこれで動く？

 

		//キャラｎ体作成
		for (int i = 0; i < sakusei; i++) {
			GameObject go = Instantiate (myInstance, new Vector3 (i + 1.0f, 0, 0), Quaternion.identity) as GameObject;
			string myAIname =  "AI" + i.ToString ();
			go.name = myAIname;
}

 

3行目　prefabを生成した後，Gameobject goにいれる．これでCloneでなくなる

4行目　forの変数iを利用した名前をAI1みたいにする

5行目　goの名前を4行目の変数　myAInameにする

これでPrefabがそれぞれ別の名前にかわる