いくつかの設定項目あります

• AIキャラ（AiThirdPersonController）のCupsuleColliderのIsTriggerをONにする
• AiThirdPersonControllerにTagを設定する（Tagの付け方ははここを参照）このTag名で当たったのがAiかどうか判定します
• 下記のスクリプトを作成し，ThirdPersonController（自分のキャラ）にアサインする

スクリプト(AiHit.cs　という名前で保存）

using UnityEngine;
using System.Collections;
using UnityEngine.SceneManagement;//シーン遷移をするのに必要

public class AiHit : MonoBehaviour {

	[SerializeField, HeaderAttribute ("AIキャラのタグ名")]
	public string myAiTag;

	[SerializeField, HeaderAttribute ("AIキャラに捕まったときのシーン名")]
	public string AiHitScene;

	void OnTriggerEnter(Collider hitCollider) {
		if (hitCollider.gameObject.tag == myAiTag) {
			this.gameObject.SetActive (false);//Playerを見えなくする
			Invoke("AiHitEnd", 2f);
		}
	}


	void AiHitEnd(){
		SceneManager.LoadScene (AiHitScene);//AIあたったシーン名へ
		//Destroy(this.gameObject);//Playerを消去する（使っていない）
	}
}

アサインしたら，ThirdPersonControllerのInspectorを確認し，AIキャラクタのタグ名を指定し，AIキャラに捕まったときのシーン名も指定する

ゲームを実行して確認してください．AIに追いつかれたら2秒後に指定したシーン名に遷移します